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绪论/1篇 基础实践/9

项目1基因组测序模拟/9

项目2序列组装/16

项目3基因组注释之同源基因搜索/26

项目4基因组注释之从头预测与基因结构建模/37

项目5基因组注释之DNA元件预测/45

项目6基因组数据可视化/59

篇扩展实践/64

项目1高通量测序平台及模拟工具的对比/64

项目2基因组序列组装软件的对比/67

项目3 RNA-Seq数据从头组装软件的对比/70

项目4从头计算预测基因软件的比较/73

项目5基于转录组数据的新基因和转录变异体的发现/76

项目6基因转录调控分析/79

项目7基因组测序可视化工具的对比/87

第三篇 综合实践/90

项目1基因组测序模拟的编程实现/90

项目2同源基因搜索指导的基因结构预测 /94

项目3基于RNA-Seq数据的基因组注释/100

项目4 基于多重数据源的基因结构特征训练和应用 / 107

项目5基因结构特征模型参数的编程实践/110

项目6多重证据联合的基因结构建模/114

项目7转录因子调控机制分析/117

其他综合实践设想/123

第四篇常用软件使用手册/124

1. ART / 124

2. Augustus / 136

3. BamTools / 152

4. BCFtools / 156

5. bedtools / 191

6. Bowtie2 / 213

7. FastQC / 235

8.GFF格式处理工具/249

9. NCBI BLAST / 260

10. NCBI SRA Toolkit / 276

11. QUAST / 286

12. Samtools / 298

13. SOAPdenovo / 325

14. Trimmomatic / 339

15. Trinity / 343

16.文件格式转换工具/353

附录/354

附录1基因组坐标体系/354

附录2常用数据格式/357

参考文献 /383

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